Au milieu du XIXe siècle, à l'Académie de médecine de Paris, un débat sur la nature du cancer oppose les médecins traditionnels aux partisans de l'usage du microscope. La théorie cellulaire qui surgit alors va embraser ce débat.

En 1867, Claude Bernard publie un rapport qui expose sa conception de la physiologie et de la pratique expérimentale. Pour lui, les observateurs sont des scientifiques passifs. Les zoologistes se rebiffent, et une controverse éclate l'année suivante à l'Académie des sciences.

Les cellules structurent tous les êtres vivants, et se forment exclusivement par division d'une cellule préexistante : ces deux principes de la théorie cellulaire promue en particulier par l'Allemand Rudolf Virchow au milieu du XIXe siècle furent violemment contestés par le Français Charles Robin.